Para el año 2001 el Isidro Menendez se fusiona con el Metapán F.C. y nace el glorioso equipo A.D. Isidro Metapán que logra el campeonato tras derrotar al C.D.Jocoro. en la final y se logra la segunda clasificación a la primera división en la historia de la mano del tecnico Edwin Portillo. El presidente del equipo era el ya fallecido Gumercindo Landaverde.